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​永城境内有原始社会晚期人类聚落10余处，王油坊遗址、造律台遗址、黑堌堆遗址等均属龙山文化范围。

夏，永城市境属豫州之域。

商，境内出现了棘国、攸侯国两个小国家，有永、酂和芒诸地。

西周，市境大部属宋国，西南部属焦国。春秋，大部属宋国，西南部先后属焦、陈、楚。战国，市境先后属宋国、楚国。

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秦，境内设置砀县（今芒山镇），属砀郡，芒县（今陈集镇刘寨村南）、酂县（今酂城镇）属泗水郡。公元前206年，属项羽西楚国。

汉，境内有芒县、酂县、敬丘侯国（今太丘镇）、建成侯国（今侯岭乡二郎庙湖），属沛国谯郡，而北部砀县一部（今芒山镇）归梁国所有。东汉，光武年间改芒县为临睢，明帝时改敬丘为太丘。临睢、太丘、酂县属沛国，砀县属梁国，建成侯国废。

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三国属魏，境内临睢、太丘、建平、酂县属谯郡，砀县属梁国。

西晋，临睢、太丘、建平三县并入酂县，属豫州谯国，砀县并入下邑（今砀山县），仍在梁国（亦称梁郡）境内。另有部分属于郸县（今丹城镇）之地 。

东晋十六国，太宁三年（325年），县境属后赵；升平三年（359年）属前燕，太和五年（370年）属前秦；淝水之战（383年）后属东晋。

南朝宋，永初三年（422年），酂县属梁郡所辖；元徽元年（473年），“置徐州，立新昌郡，以酂县属之”。

北魏建立后，酂县划归谯州临徐郡，后废。太和二十一年（497年），永城市境属徐州粱郡；东魏武定四年（546年），市境西南部为南兖州马头郡下邑县辖区，东北部为徐州砀郡砀县辖区；北齐时，境内置安阳县（今芒山镇保安山南），砀县并入，属彭城郡[27] 。这一时期，永城县境所辖诸县并入酂县，县域以酂县为主。

隋，复置酂县，属谯郡。大业六年（610年），割彭城、睢阳二郡之地置永城县，治所在马甫城（今西城区）东北3里。芒砀山以北地区属梁郡砀山县。

唐，永城、酂县属河南道谯郡。武德五年（622年），永城县治所迁于马甫城（此地势较高，为一山丘，又名无影山）；贞观十七年（643年），酂、永城二县直接归亳州管辖，砀山县属宋州辖区。

后梁，升砀山县为辉州；后唐，废辉州复置砀山县，属单州，永城、酂两县属亳州。

北宋，永城市境所辖仅包含永城、酂二县，永城、酂县属淮南东路亳州。

金，兴定五年（1221年），因永城为淮北要地，在芒山地区设置保安军镇，升永城县为永州，脱离亳州管辖，辖下邑、砀山、酂县。砀山县治曾沉于水，迁址于保安镇（今芒山镇）。

元，至元二年（1265年），“酂县入永州，降永州为永城县”，属河南江北行省归德府；至元二十五年，“归德府”更名“汴梁路”，永城随属。

明，永城县属河南省开封府归德州。嘉靖二十四年（1545年），升归德为府，永城随属。

清，置永城县，属河南省归德府；宣统三年（1911年），改属河南省开归陈许郑道归德府。

中华民国二年（1913年），永城县属河南省豫东道，1914年6月，豫东道改名开封道，永城县随属。1933年2月，永城县划归河南省第二行政督察区管辖。1938年至1945年的抗日战争期间，永城境内国民党辖区仍属河南省第二行政督察区，抗日民主政府辖区先后隶属豫皖苏边区革命根据地、淮北第二行政区和苏皖边区第八行政区。1945年2月，更名雪枫县，县境南部划归雪涡县，县境西南部划归雪商亳县。1946年12月，雪枫、雪涡、雪商亳3县隶属豫皖苏边区第三行政区。1947年3月至11月，县东部为萧宿永县辖区；1947年11月，县北部成立砀南县。1949年3月，雪枫县复名永城县，撤销雪涡、雪商亳、砀南等县，恢复原建制，隶属皖北行政区宿县专区。

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1952年，永城县划归河南省商丘专区，县域大规模变更结束。1959年1月至1960年底隶属河南省开封专区；1961年至1996年，隶属商丘专区。1996年，永城撤县设立县级市 ，治所向东迁移8公里沱河北岸大谢庄建东城区。 1997年商丘撤地区设立地级市，永城市由省直辖，由商丘市代管。 2014年由河南省政府直管，行政区划仍旧隶属地级商丘市。

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